Die Landesregierung von Niederösterreich hat über einstimmigen Beschluss des Gemeiderates und Ansuchen des Bürgermeisters in ihrer Sitzung vom 28. April 1964 der Marktgemeinde Neusiedl an der Zaya das ihr von Kaiser Friedrich III. über Bitten des Gamuret Fronauer 1465 verliehene Marktrecht neuerlich bekräftigt und bestätigt und nachstehendes Wappen als Marktwappen verliehen.
Ein gespaltener Schild, der in seinem vorderen schwarzen Feld eine silberne Lilie, in seinem hinteren silbernen Feld schwarze Schlögel und Eisen, belegt mit einer goldenen Ähre, die im Schildfuße von einer goldenen Weinrebe mit zwei Blättern umrankt wird, zeigt. Die aus diesem Wappen abgeleiteten Flaggenfarben der Marktfahne sind „Schwarz – Weiß – Gelb“.
Dieses Marktwappen spielt einerseits auf die Entwicklung des Ortes als Brandenburgisches Lehen (Farben schwarz-weiß) bzw. die Erhebung des Ortes unter Gamuret Fronauer zum Markte (silberne Lilie im schwarzen Feld), anderseits auf die landwirtschaftliche (goldene Ähre und Weinranke) und auf die bergbauliche (zwei gekreuzte Hämmer) Erwerbstätigkeit der Gemeindebevölkerung an.